创建于1949年，时称华东军区人民医学院。1950年改称上海军医大学。1951年7月正式定名为第二军医大学。整体实力。学校是国家“211工程”和军队“2110工程”重点建设院校，是军队3所设置研究生院的单位之一，是全国11所开办八年制医学教育的院校之一，是36个“国家生命科学与技术人才培养基地”之一，是我军唯一的外军医学留学生培训基地。

    人才培养。学校的主要培训层次有研究生教育、本科生教育、任职教育和留学生教育等。开设长学制医学教育（七、八年制）、临床医学（五年制）、海军临床医学（五年制）、麻醉学（五年制）、药学（四年制）、护理学（四年制）、公共事业管理（四年制）、生物技术（四年制）、中医学（五年制）等9个专业。校党委始终坚持教学工作的中心地位不动摇、教学改革的核心地位不动摇、教学基本建设的优先地位不动摇，稳步推进教学改革，狠抓教学质量建设。“十五”以来，共获得国家教学成果奖3项，军队教学成果一等奖3项、二等奖9项。先后有10篇研究生论文入选“全国百篇优秀博士学位论文”

    医院建设。学校附属长海、长征和东方肝胆外科医院以“救死扶伤，服务军民”为宗旨，坚持科技兴院、质量建院、从严治院、勤俭办院，医院整体建设水平在军内外领先，目前，共展开床位3500余张，年收治病人6万多人次，年门急诊量达200多万人次。在医疗特色上，肝胆外科、胸心外科、烧伤外科、骨科、神经外科、泌尿外科等传统特色更加鲜明，并在肝脏、肾脏等器官移植术，前列腺疾病微创治疗术，以及胰腺疾病、血管病、血液病、真菌病诊治技术等方面形成新的特色。目前，三所附属医院共有10个全军医学研究所，10个全军医学专科（专病）中心，3个国家中医药管理局重点专科（专病）中心，4个上海市临床医学中心。三所医院均为三级甲等医院，长海医院荣获“全国百佳医院”称号，长征医院在全军开展的优质服务竞赛中连续三届荣获“白求恩杯”，东方肝胆外科医院已发展成为国家军队知名的专科医院。